Bảo tàng Chứng tích chiến tranh là một bảo tàng vì hòa bình ở số 28 đường Võ Văn Tần, Quận 3, dưới thời nhà Nguyễn thì đây là vị trí của chùa Khải Tường – là một ngôi chùa do vua Gia Long (niên hiệu Gia Long) truyền dựng lên để đánh dấu nơi sinh của hoàng tử Nguyễn Phúc Đảm (tức vua Thánh Tổ, niên hiệu Minh Mạng sau này) năm 1791, cũng trong thời điểm chúa Nguyễn Ánh bị quân Tây Sơn đuổi đánh.
Theo một số thông tin từ sách Biên niên sử Phật giáo Gia Định – Sài gòn – TP.HCM (1600 – 1992) được ấn hành năm 2001, chùa Khải Tường vốn tọa lạc ở Tân Lộc thôn, tỉnh Gia Định xưa (có tư liệu gọi là thôn Hoạt Lộc). Ban đầu, chùa chỉ là một am tranh nho nhỏ được tương truyền rằng năm Giáp Ngọ (tức năm 1744), Thiền sư Phật Ý – Linh Nhạc theo nhóm lưu dân vào phương Nam khai phá. Trên đường đi, thiền sư đã gặp một tăng sĩ cùng lứa tuổi, kết làm huynh đệ. Họ cùng nhau đến làng Tân Lộc, phá rừng, khai khẩn ruộng đất canh tác và dựng lên một am lá thờ Phật. Vài năm sau, tăng sĩ cùng kết nghĩa tách ra lập am riêng, cách am cũ vài mươi mét, để tiện việc tu hành. Năm Nhâm Thân 1752, hai am lá lần lượt được Thiền sư Linh Nhạc cùng vị tăng sĩ kết giao tu bổ thành chùa, đặt tên là “Từ Ân” (ngụ ý nhờ lòng từ bi và ân huệ của đức Phật mà dân chúng được bình an, tạo dựng cuộc sống ấm no hạnh phúc nơi vùng đất mới) và “Khải Tường” (hàm ý mở rộng phước lành cho bá tánh). Đây cùng là hai ngôi chùa cổ của Sài Gòn, nổi tiếng vì là nơi vua Gia Long từng ẩn náu khi bị quân Tây Sơn truy đuổi, đặc biệt hơn khi chùa Khải Tường lại là nơi hoàng tử Đảm chào đời. Sau này khi lên ngôi hoàng đế (lấy niên hiệu Minh Mạng), nhớ đến nơi mình sinh ra nên vua đã truyền lệnh cho quan quân đến thành Gia Định, tìm lại dấu vết.
Năm 1788, tận dụng cơ hội khi nội bộ quân Tây Sơn gặp nhiều mâu thuẫn mà chúa Nguyễn Ánh đã ra tay mà giành lại được Gia Định, với ý muốn củng cố lực lượng đồng thời xây dựng thành trì, biến nơi đây trở thành trung tâm chính trị dưới triều nhà Nguyễn. Nhưng đến tận hai năm sau, khi thành Gia Định vẫn đang trong quá trình xây dựng, buộc hoàng gia cùng với bộ máy chính quyền quan lại phải tá túc ở hai ngôi chùa lớn nằm cạnh nhau là chùa Từ Ân và chùa Khải Tường. Nguyễn Ánh thì dừng tại chùa Từ Ân, còn chùa Khải Tường trở thành nơi trú ẩn của các cung phi. Theo một số tư liệu, ngày 25/5/1791, Nhị phi Trần Thị Đang (tức Thuận Thiên Cao Hoàng hậu) hạ sinh hoàng tử Nguyễn Phúc Đảm nơi hậu liêu chùa Khải Tường.
Sau khi đất nước được thống nhất và lên ngôi vua, năm 1802, vua Gia Long đã hạ lệnh cho trùng tu lại hai ngôi chùa này. Để tạ ơn che chở ban đầu mà vua đã dâng cúng một bức tượng Phật A Di Đà lớn, cao đến 2.5m được đúc bằng gỗ mít và sơn son thếp vàng, với hình dáng Phật ngồi trên tòa sen.
Trong quyển “Sách lược Khảo Phật giáo sử Việt Nam” của tác giả Vân Thanh được xuất bản tháng 3/1975 cũng có ghi nhận rằng: “… chùa Khải Tường, Thôn Hoạt Lột, huyện Bình Dương, xây cất năm Tân Hợi (1791), hiện nay nền chùa là Trường Đại Học Y Khoa cũ, đường Trần Quý Cáp, do Nguyễn Vương Phúc Ánh kiến tạo để kỷ niệm nơi sinh Hoàng tử Đởm (hay Đảm, tên vua Minh Mạng)”.
Tương tự đó thì học giả Vương Hồng Sển cũng viết lại trong quyển sách “Sài Gòn năm xưa” thế này: “Chùa nầy có dật sử chính hoàng tử Đảm (sau lên ngôi là Đức Minh Mạng) sanh nơi hậu liêu vào năm Tân Hợi (1791) giữa cơn tị nạn Bình Tây Sơn. Qua năm 1804, Cao Hoàng nhớ tích cũ, để tạ ơn Phật dày công che chở mấy năm bôn tẩu nên gởi tặng chùa một cốt Phật Thích Ca thật lớn bằng gỗ mít, thếp vàng tuyệt kỹ”.
Mãi đến năm 1820, khi vua Gia Long băng hà, vua Minh Mạng kế thừa ngôi báu, người đã cho tìm kiếm lại địa chỉ năm xưa. Nhưng đến tận năm 1832, sau khi xác minh được di chỉ ở Tân Lộc – nơi cha mẹ từng lưu trú và cũng là nơi mình sinh ra, quan thành Gia Định đã cho vẽ địa đồ dâng về Huế. “Vua bèn sai lấy của kho 300 lạng bạc, giao cho quan địa phương, theo cách thức đã định của Bộ Công, gọi thợ xây dựng. Lại mộ sư đến ở, hạn là 20 người”. Vì kinh phí xây dựng hoàn toàn do quốc khố đài thọ nên công việc thổ mộc nhanh chóng hoàn tất. Ngôi chùa được trùng tu, khang trang hơn, lấy danh hiệu là “Quốc Ân Khải Tường tự”. Đồng thời, cho “mộ sư đến ở, cấp ruộng tự điền” để lo việc tiết lễ hàng năm được chu đáo. Còn chùa Từ Ân gần đó cũng được vua ban lệnh phong Sắc Tứ Từ Ân.
Ngày lạc thành Khải Tường tự, vua Minh Mạng đã dâng cúng một pho tượng Phật Di Đà ngồi kiết già trên tòa sen. Pho tượng thể hiện A Di Đà trong tư thế Vajrasana (Bảo tòa Kim cương), được sơn son thếp vàng độc đáo, với hai tay tượng chắp lại, hai ngón tay dính nhau và trên ngực có chạm hình chữ Vạn (Svastika). Đến khoảng năm Quý Mão (năm 1843) tức năm Thiệu Trị thứ ba, Giáo thọ Như Quang vận động các vị hoàng thân quốc thích, đồng bào phật tử ủng hộ chỉnh trang nên chùa có quy mô tráng lệ hơn.
Nếu đi từ ngoài vào trong thì quy mô của chùa Quốc Ân Khải Tường bao gồm: Lầu chuông trống ba gian hai chái, tiếp đến là chính điện Phật ba gian, dọc hai bên là hai dãy hành lang dài nối với Tăng xá cùng nhà ăn đều là ba gian hai chái. Chùa sau khi trùng tu xong đã thỉnh hơn hai mươi vị sư đến cư trú, ban cấp ruộng đất để lấy hoa lợi lo toan cho việc thờ cúng hàng năm. Nơi đây còn có các vị cao tăng, trụ trì của Hoằng dương Đạo pháp, thêm phần được triều đình bảo hộ nên Khải Tường nhanh chóng trở thành ngôi chùa tiêu biểu, có sức ảnh hưởng rộng lớn đến quần chúng Phật giáo khắp Nam Kỳ Lục tỉnh.
Ngày 18/12/1859, thiếu tướng Hải quân Rigault De Genouilly chỉ huy liên quân Pháp – Tây Ban Nha đánh chiếm thành Gia Định. Nhiều ngôi chùa cổ ở đây đã trở thành nơi đóng quân của lính Pháp. “Suốt từ Sài Gòn vào Chợ Lớn, bốn ngôi chùa, đền cổ đã bị quân đội viễn chinh chiếm đóng là chùa Khải Tường, đền Hiển Trung, chùa Kiểng Phước, chùa Cây Mai. Chúng đặt tên là “lignes des pagodes” (phòng tuyến các chùa)” nhằm chống lại các cuộc tấn công của quân khởi nghĩa.
“Quốc Ân Khải Tường tự” vì ở sát thành Gia Định, nên bị quân Pháp chiếm làm đồn lũy. Đại úy Thủy quân lục chiến Pháp Nicolas Barbé nhận nhiệm vụ dẫn quân vào chiếm giữ. Barbé đem tượng Phật bỏ ngoài sân, cưỡng bức các sư phải rời chùa. Từ đó, chùa Khải Tường còn có tên là chùa Barbé (có tài liệu dùng chữ “Barbet”) hay đồn Barbé (theo tên của Đại úy trưởng đồn). Đêm 07/12/1860, nghĩa quân Trương Định ở Gò Công kéo lên Gia Định phục kích và giết chết Barbé ở bên ngoài đồn.
Theo nhận định của nhà văn Sơn Nam thì khoảng năm 1967, chùa Khải Tường đã trở thành trường Sư Phạm Nam. Mười ba năm sau thì chùa đã bị tháo dỡ, trường cũng được di chuyển qua cơ sở mới và lấy tên là trường Collège Chasseloup Laubat (sau này đổi tên thành THPT Lê Quý Đôn) được thành lập năm 1874 và hoàn tất vào năm 1877.
Sau khi chùa bị tháo dỡ, tấm hoành phi lớn đề chữ “Quốc Ân Tường tự” được chuyển về chùa Từ Ân (ngày nay là đường Tân Hóa, Quận 6) để cất giữ. Còn riêng Pho tượng Phật chùa Khải Tường được đem về cất giữ ở kho phủ Toàn quyền, sau đó giao về cho Hội Cổ học Ấn – Hoa. Năm 1929, khi Bảo tàng Blanchard de la Brosse (nay là Bảo tàng Lịch sử Thành phố Hồ Chí Minh) khánh thành thì pho tượng được chuyển về bảo tàng lưu giữ cho đến nay.
Thời gian sau, trên nền chùa bỏ hoang này, người Pháp cho xây một dinh thự dành cho quan chức trong bộ máy cai trị. Trước năm 1963 dùng làm Trường Đại học Y dược, sau khi chế độ của Tổng thống Ngô Đình Diệm bị lật đổ, các tướng lãnh cho các cố vấn quân sự đến trú đóng. Sau ngày năm 1975, nơi đây được dùng làm Bảo tàng Chứng tích chiến tranh.
