Tướng giặc là Trương Ngọc chết trong đám loạn quân. Phàn Tiếp té xuống sông, quân ta dùng câu liêm móc lên bắt sống. Các tướng Ô Mã Nhi, Tích Lệ Cơ Ngọc cũng bị bắt sống. Nội minh tự Đỗ Hành bắt được Ô Mã Nhi, đem giải đến thuyền ngự của Thượng hoàng Trần Thánh Tông.
Theo lệnh của Thoát Hoan, ngày 30.3.1288, Ô Mã Nhi và Phàn Tiếp đem thủy quân đi về trước. Dọc bờ sông, Thoát Hoan phái kỵ binh do Trịnh Bằng Phi, Đạt Truật đi theo hộ tống hạm đội. Kế hoạch này chẳng qua là Thoát Hoan muốn trấn an bọn tướng lĩnh và binh lính khối thủy quân mà thôi. Trên thực tế, tốc độ của kỵ binh đi trên bờ và thủy quân dưới sông là hết sức khác biệt, nhiều chỗ ven sông không có đường cho kỵ binh di chuyển. Đạo kỵ binh hộ tống của quân Nguyên đến chợ Đông Triều (huyện Đông Triều, Quảng Ninh ngày nay) thì gặp sông chắn ngang, cầu đã bị quân Đại Việt phá nên không tiến được. Trịnh Bằng Phi dò biết tin quân ta đã chờ sẵn bên kia sông để đón đánh chúng, bèn bắt các kỳ lão trong vùng dẫn đường tắt đi ngược trở về Vạn Kiếp, hòng tranh thủ hội quân rút lui cùng khối bộ binh của Thoát Hoan.
Như vậy là thủy quân của Ô Mã Nhi, Phàn Tiếp đã hoàn toàn bị khối bộ binh bỏ mặc. Bọn chúng đơn độc xuôi theo dòng sông Lục Nam tiến về đông, định theo ngã sông Bạch Đằng để ra biển. Tướng lĩnh thủy quân Nguyên Mông vô cùng lo lắng. Việc phải rút lui theo đường thủy chẳng qua là chúng miễn cưỡng tuân lệnh mà thôi. Không có bộ binh hộ tống, đạo thủy quân Nguyên Mông đi được rất chậm. Quân Đại Việt dưới sự chỉ huy trực tiếp của vua Trần Nhân Tông tổ chức thành những biên đội thủy quân nhỏ, cùng các toán dân binh đã chặn giặc liên tục, đánh dài từ Vạn Kiếp đến Bạch Đằng, không ngày nào ngơi nghỉ. Sự đánh phá này cốt để làm cho quân giặc thêm xuống sức, tạo thuận lợi cho đại quân ta tiêu diệt chúng trong một trận quyết chiến.
Trong khi vua Trần cầm quân đánh chặn, quấy nhiễu thủy quân Nguyên Mông trên sông Lục Nam thì ở ven biển, Hưng Đạo vương đang chuẩn bị lực lượng lớn ở cửa vùng cửa sông Bạch Đằng để đón đánh thủy quân giặc. Hưng Đạo vương đặt quân thủy bộ mai phục dày đặc ở các tuyến sông Giá, sông Kênh, sông Chanh, sông Đá Bạch, sông Thai, núi Tràng Kênh, Yên Hưng… Tại một số nơi lòng sông rộng trên sông Bạch Đằng, thủy triều lên xuống chênh lệch mạnh, quân ta cắm cọc nhọn rồi phủ cỏ lên trên. Các bãi cọc này là những công trình tiêu tốn khá nhiều công sức. Nhân dân trong vùng cùng với quân đội triều đình đã phải tốn nhiều thời gian chuẩn bị từ trước để diệt giặc. Bãi cọc vừa đóng vai trò là cạm bẫy đánh chìm thuyền giặc, vừa làm hẹp thủy lộ, khiến cho thuyền giặc phải di chuyển theo toan tính của quân ta.
Ô Mã Nhi đem binh thuyền đến ngã ba Đụn (sông Đá Bạch giao với sông Giá), vùng Trúc Động (Thủy Nguyên, Hải Phòng ngày nay) vào ngày 8.4.1288. Quân Nguyên phải mất đến 8 ngày để đi đoạn đường sông từ Vạn Kiếp đến đây do bị đánh phá liên tục trên dọc đường đi. Ô Mã Nhi muốn lợi dụng lúc thủy triều rút nhanh, xuôi theo dòng sông Giá kéo quân ra biển. Quân Đại Việt bày trận trong sông Giá dày đặc để ngăn lại. Ô Mã Nhi sai Lưu Khuê dẫn tiên phong đánh thăm dò, bị quân ta đánh bậc trở lại nhanh chóng. Ô Mã Nhi thấy quân ta ở sông Giá đông và mạnh, nên không dám đi vào sông Giá nữa.
Ô Mã Nhi đem hết quân thẳng đường sông Đá Bạch mà đi. Hừng sáng ngày 9.4.1288, thuyền quân Nguyên tiến vào sông Đá Bạch, gần đến núi Tràng Kênh đương lúc nước triều lên cao, Hưng Đạo vương sai quân ra đánh nhử, cầm chân địch. Thủy quân Nguyên gặp phải quân ta, dàn thuyền xáp lại đánh. Giao chiến một hồi, quân ta rút lui theo đúng theo kế mà Hưng Đạo vương đã định từ trước. Ô Mã Nhi tưởng quân ta rút lui thật, thừa thế thúc toàn quân tiến nhanh vào sông Bạch Đằng. Lúc này thủy triều đang xuống mạnh, hạm thuyền giặc lọt thỏm vào muôn trùng trận địa mai phục của quân ta mà vẫn chưa hay biết. Thuyền quân Nguyên đương lúc mải truy đuổi thì thình lình vướng vào bãi cọc, nối nhau vỡ đắm. Đó là lúc quân Đại Việt phát lệnh phản công.
Tướng quân Nguyễn Khoái thống lĩnh quân Thánh Dực dũng nghĩa, đội cấm binh tinh nhuệ bậc nhất của Đại Việt từ hạ lưu đánh thẳng vào chính diện đội hình các chiến thuyền Nguyên Mông. Đội thuyền đương giả thua cũng quay đầu lại đánh, chắn ngang đường ra biển của giặc. Từ các nhánh sông Chanh, sông Kênh, sông Giá, sông Thai, sông Điền Công… thủy quân ta vốn mai phục sẵn từ trước nhất tề đổ ra đánh phá tạt sườn đội hình giặc. Đồng thời hàng loạt các thuyền bè chở đầy chất gây cháy, lửa chảy bừng bừng được thẳng từ thượng nguồn xuôi dòng nước lao thẳng vào hậu quân Nguyên Mông. Chẳng mấy chốc trên sông Bạch Đằng đã thành một biển lửa. Thuyền quân Nguyên cháy rực cả khúc sông. Thủy quân Đại Việt từ sông Uông phối hợp với bộ binh ở núi Tràng Kênh kéo ra khóa đuôi hạm đội quân Nguyên. Từ hai bên bờ sông, cung tên, hỏa tiễn của quân ta tưới thẳng vào đầu kẻ địch.
Các tướng Nguyên là Phàn Tiếp, Lưu Khuê, Hoạch Phong, Ô Mã Nhi, Trương Ngọc, Tích Lệ Cơ cùng chỉ huy quân lính cố gắng củng cố lại đội hình chống trả rất mãnh liệt. Phàn Tiếp cho quân đổ bộ lên chiếm lấy núi Tràng Kênh, toan lấy chỗ cao cho quân tựa lưng vào đó mà dàn trận. Nhưng lúc này thì cả Thiên thời, Địa lợi, Nhân hòa chúng đều không có. Quân của Phàn Tiếp vừa lên bờ đã bị phục binh của ta ở núi Tràng Kênh vây đánh, đẩy ngã xuống sông. Thủy triều xuống nhanh làm hiện ra những bãi cọc nhọn đâm thủng rất nhiều thuyền chiến Nguyên Mông, chiếc đi trước vừa vướng cọc chìm thì chiếc đi sau là lao tới. Quân giặc chết đuối nhiều vô kể. Cả đoàn thuyền bị ùn tắc. Đám thuyền không vướng cọc thì cũng bị một đội thuyền hùng mạnh của quân ta chặn ngang từ phía hạ lưu, không sao thoát ra hướng biển được. Giặc bị hãm giữa trận, tiến thoái đều không được. Các thuyền quân Nguyên lo sợ bị vướng cọc nên di chuyển rất hạn chế, tụ lại một chỗ thì lại làm mồi cho cung tên của quân Đại Việt. Quân ta vòng vây càng lúc càng siết chặt.
Hai bên kịch chiến suốt mấy canh giờ, quân Nguyên càng núng thế, lớp này đến lớp khác gục ngã dưới làn mưa tên nhưng vẫn chưa chịu buông xuôi. Bởi chúng đã bị dồn vào thế cùng đường nên dùng hết khả năng mà kháng cự. Binh pháp cổ hạn chế việc dồn kẻ địch vào thế cùng, khi bao vây thường vây ba hướng, chừa một hướng cho địch quân rút chạy rồi đuổi theo truy sát. Thế nhưng với cách thức dụng binh của Hưng Đạo vương thì có phần khác biệt. Trong trận Bạch Đằng lần này, quân Đại Việt quyết không chừa cho kẻ địch một con đường thoát nào.
Đương lúc trận chiến bước vào đoạn cao trào, Hưng Đạo vương cùng vua Trần Nhân Tông, thượng hoàng Trần Thánh Tông dẫn đoàn chiến thuyền hùng mạnh nhất tung vào trận. Các đạo cấm quân tinh nhuệ thường ngày giữ nhiệm vụ bảo vệ vua và triều đình, nay được dịp thả sức tung hoành. Các quân thấy đội thuyền của nhà vua kéo tới tiếp viện, càng thêm phấn chấn, cùng hợp sức mà đánh giết quân giặc, trút tên như mưa vào các thuyền giặc. Ở chiều ngược lại, quân Nguyên càng thêm hoảng loạn, trận thế tan vỡ. Quân Đại Việt thả sức tàn sát, máu nhuộm đỏ cả một khúc sông lớn. Tướng giặc là Trương Ngọc chết trong đám loạn quân. Phàn Tiếp té xuống sông, quân ta dùng câu liêm móc lên bắt sống. Các tướng Ô Mã Nhi, Tích Lệ Cơ Ngọc cũng bị bắt sống. Nội minh tự Đỗ Hành bắt được Ô Mã Nhi, đem giải đến thuyền ngự của Thượng hoàng Trần Thánh Tông. Thượng hoàng sai người rót rượu cho Ô Mã Nhi uống.
Kết thúc trận chiến Bạch Đằng, quân Nguyên đại bại. Toàn bộ đạo thủy quân Nguyên Mông gồm khoảng 6 vạn binh lính bị giết hoặc bị bắt sống hết. Không một tên nào chạy thoát. Thuyền quân Nguyên cả thảy khoảng 600 chiếc cỡ lớn, quân Đại Việt bắt được 400 chiếc, số còn lại khoảng 200 chiếc bị đánh chìm trong tại trận.
Sở dĩ triều đình Đại Việt tốn nhiều tâm huyết để tiêu diệt thủy quân Nguyên Mông là bởi vì đánh giá rằng đây mới là đội quân nguy hiểm nhất cho Đại Việt, không thể để lại làm hậu họa về sau. Trận Bạch Đằng là một trận chiến có quy mô hủy diệt vào loại cực cao trong sử sách. Chỉ trong chưa đầy một ngày mà hàng vạn quân giặc đã bỏ xác trên chiến trường. Đội thủy quân tinh nhuệ nhất của đế chế Nguyên Mông, đội chiến thuyền mà nước Nguyên đã huy động rất nhiều tiềm lực mới có được trong phút chốc tan tành theo bọt sóng Bạch Đằng giang. Cùng với việc tổ chức tiêu diệt đạo thủy quân của giặc thì trên các tuyến biên giới trên bộ, quân Đại Việt cũng giăng sẵn những cạm bẫy chờ tiêu diệt khối bộ binh của Thoát Hoan.
(còn tiếp)