Quân Nguyên tiến đánh, quân ta dùng tên độc bắn ra như mưa, giặc chết rất nhiều, không tiến quân được. Quân Nguyên từ tướng đến lính trước vốn đã sợ uy lính cung nỏ của Đại Việt giỏi dùng tên độc, nay lại gặp tổn thất nặng nên rất kinh hoàng.
Cũng như hầu hết các lần xâm lược Đại Việt của các quốc gia phương bắc, việc chuẩn bị đòi thời gian và công sức rất lớn. Sau những sự trì hoãn, kể từ đầu năm 1286 thì Nguyên Mông đã tiến hành ráo riết việc chuẩn bị tấn công Đại Việt. Dù vậy, cũng phải đến cuối năm 1287 thì các đạo quân viễn chinh Nguyên Mông mới hoàn thành việc tập kết lực lượng ở các điểm tiền tiêu.
Ngày 11.10.1287, đại quân Nguyên Mông dưới quyền Thoát Hoan, Áo Lỗ Xích (Ayuruyci) bắt đầu từ Ngạc Châu xuất phát. Ngày 4.12.1287, quân Nguyên đến Lai Tân, Quảng Tây, Thoát Hoan chia quân thủy bộ tiến sang Đại Việt. A Bát Xích (Abaci) dẫn 1000 quân đi trước dẫn đường. Ngày 18.12.1287,Thoát Hoan đến châu Tư Minh chấn chỉnh đội ngũ, chia 2.500 quân dưới quyền Vạn hộ Hạ Chỉ canh giữ xe cộ, quân nhu. Ngày 25.12.1287, quân Nguyên đến con sông Kỳ Cùng ở biên giới. Quân biên phòng của Đại Việt đã đụng trận với tiền quân Nguyên Mông rồi nhanh chóng rút lui.
Quân Nguyên liền đồng loạt vượt biên giới, tiến đến Lộc Châu vào ngày 29.12.1287. Tại Lộc Châu, Thoát Hoan chia quân làm hai khối như lần trước. Bột La Hợp Đáp Nhĩ (Bolqadar) cùng Trịnh Bằng Phi dẫn 1 vạn quân Hán đi phía tây, theo đường Vĩnh Bình xuống ải Chi Lăng. A Bát Xích đem 1 vạn quân tiên phong đi đường phía đông, từ Lộc Bình (Lạng Sơn) tiến xuống Sơn Động (Bắc Giang). Thoát Hoan đem đại quân đi sau cánh quân của A Bát Xích.
Các cửa ải phía bắc đa phần nhỏ hẹp, khó mà dàn quân đánh lớn. Vì vậy, hai đạo tiên phong của quân Nguyên cũng không huy động đông quân mà dùng những quân lính tinh nhuệ để phá ải. Những tướng cầm đầu đều chọn người dũng mãnh, gan dạ. Về phía quân Đại Việt cũng chia làm nhiều cụm phòng ngự nhỏ, cốt là để tận dụng cơ hội đánh tiêu hao địch. Nguyên sử chép rằng cánh quân của Bột La Hợp Đáp Nhĩ và Trịnh Bằng Phi đã giao tranh với quân Đại Việt giữ các cửa ải Chi Lăng, Hãm Sa, Từ Trúc 17 trận và “đều thắng cả”. Thực ra, quân Đại Việt đã rút kinh nghiệm từ lần chiến đấu trước, không còn đặt nhiều trọng binh ở các ải ngoài biên nữa. Tuy nhiên, sự hy sinh của quân lính ở các ải tiền đồn không vì thế mà có thể xem nhẹ. Các trận phá ải đều khiến quân Nguyên tổn hao nhân mạng do địa thế hiểm trở và sức chiến đấu của quân ta.
Bột La Hợp Đáp Nhĩ cùng Trịnh Bằng Phi kéo quân qua được vùng núi phía bắc khá nhanh, đến địa phận lộ Bắc Giang thì gặp phải sức kháng cự mạnh của quân ta. Cấm quân tinh nhuệ của triều đình Đại Việt dưới sự chỉ huy của Hưng Đức hầu Trần Quán đã bày trận sẵn ở cửa ải Lãng Kinh (Đáp Cầu, Bắc Ninh ngày nay), thủy bộ Đại Việt cùng nhau phối hợp chặn giặc. Quân Nguyên tiến đánh, quân ta dùng tên độc bắn ra như mưa, giặc chết rất nhiều, không tiến quân được. Quân Nguyên từ tướng đến lính trước vốn đã sợ uy lính cung nỏ của Đại Việt giỏi dùng tên độc, nay lại gặp tổn thất nặng nên rất kinh hoàng. Tướng giặc Bột La Hợp Đáp Nhĩ, Trịnh Bằng Phi phải lệnh lui quân về đóng ở ải Vũ Cao, chờ đợi phối hợp với cánh quân phía đông của Thoát Hoan.
Về cánh đại quân phía đông của Thoát Hoan, đoán được rằng đây là hướng tiến quân mạnh của địch nên Hưng Đạo vương đã chủ trương tránh giao tranh lớn ngay với địch, hòng bảo toàn lực lượng đánh lâu dài. Do đó, Thoát Hoan được thuận lợi mà tiến quân khá nhanh. A Bát Xích đi tiên phong, Thoát Hoan đi phía sau, vượt qua các ải Nữ Nhi, Khả Ly … Quân Nguyên đi một mạch từ Lộc Bình đến gần Vạn Kiếp trong 4 ngày. Tại đây, quân địch bắt gặp trước mặt là trận tuyến với đông đảo quân Đại Việt do Hưng Đạo vương Trần Quốc Tuấn chỉ huy, lưng tựa vào sông, lấy núi Phả Lại làm đồn quan sát.
Thoát Hoan đã có những kinh nghiệm xương máu từ lần thất bại trước nên lần này hắn không coi việc chiếm kinh thành Thăng Long làm nhiệm vụ trọng tâm nữa. Thoát Hoan coi Vạn Kiếp mới là địa bàn chiến lược, từ đó có thể kiểm soát những vùng quan trọng để phá thế trận của Đại Việt. Thoát Hoan biết rút kinh nghiệm từ thất bại thì Hưng Đạo vương càng biết tìm phương cách mới để chiến thắng. Thế trận của quân ta cũng thay đổi hoàn toàn so với lần trước.
Tại Vạn Kiếp lần này, không còn là thế trận phòng thủ chặt chẽ với quy mô lớn của quân Đại Việt nữa mà thay vào đó là thế trận linh hoạt, dễ bề tiến thoái với binh thuyền luôn sẵn sàng chở quân rút lui theo các hướng. Tuy vậy, Hưng Đạo vương vẫn cho quân bày trận rất đông đảo, làm như là sẵn sàng đánh lớn với Thoát Hoan, cốt là buộc Thoát Hoan phải dừng bước hội quân. Thoát Hoan muốn tung quân đánh lớn, sai điều cánh quân của Trịnh Bằng Phi và Bột La Hợp Đáp Nhĩ đến hội, đồng thời chờ đợi thủy quân của Ô Mã Nhi kéo đến.
Nói về cánh thủy quân Nguyên Mông, bấy giờ do Ô Mã Nhi chỉ huy đã từ cảng Khâm vượt biển tiến vào địa phận nước ta. Thủy quân Nguyên lại chia làm những hạm đội riêng biệt để tiện bề phối hợp trong các vịnh nhỏ hẹp ven biển Đại Việt. Ô Mã Nhi và Phàn Tiếp trực tiếp chỉ huy 18.000 thủy quân. Các tướng khác là Ô Vy, Trương Ngọc, Lưu Khuê… mỗi tên chỉ huy một hạm đội, tổng cộng chừng vài vạn thủy quân với các chiến thuyền đi biển cỡ lớn. Trương Văn Hổ dẫn hạm đội tải lương đi sau cùng. Ngày 17.12.1287, thủy quân Nguyên từ cảng Khâm xuất phát. Ngày 20.12, quân địch tiến vào vùng biển Vạn Ninh (Móng Cái). Quân Đại Việt do Nhân Đức hầu Trần Toàn chỉ huy đặt phục binh ở Đa Mỗ đợi giặc. Thuyền quân Nguyên đến cửa Ngọc Sơn thì gặp thủy quân ta chặn đánh. Do lực lượng quá chênh lệnh, quân ta không thể cản được bước tiến của giặc.
Phần lớn thủy quân Nguyên vượt qua được chốt phòng thủ đầu tiên của Đại Việt. Nhân Đức hầu Trần Toàn thấy thủy quân Nguyên đông và mạnh, biết không thể chặn đường tiến của giặc nên kiên nhẫn chờ đợi đánh tiêu hao. Khi quân Nguyên tiến qua trận địa gần hết, Trần Toàn mới cho quân mai phục đem thuyền ra đánh vào các hạm thuyền đi sau cùng của giặc, đánh giết được rất nhiều quân Nguyên, thu được thuyền bè, ngựa chiến, tù binh. Trần Toàn dù lập được quân công nhưng thủy quân Nguyên vẫn còn rất đông và mạnh. Đến vùng biển Vân Đồn, đạo thủy quân lớn của Đại Việt mới xuất chiến. Nhân Huệ vương Trần Khánh Dư đem binh thuyền giao chiến với Ô Mã Nhi, hai quân kịch chiến. Thuyền quân Nguyên dần chiếm thế thượng phong, quân ta chết nhiều, Trần Khánh Dư phải thu quân rút lui. Ô Mã Nhi đem thủy quân nhanh chóng vào cửa sông Bạch Đằng, đến về Vạn Kiếp hội quân với Thoát Hoan. Bấy giờ quân Nguyên ở Vạn Kiếp
Nhân Huệ vương Trần Khánh Dư là người nông nổi, trước kia thường phạm nhiều lỗi lầm. Vua và Thượng hoàng còn vị nể chiến công và tiếc tài làm tướng nên nhiều lần khoan dung, lại giao cho trọng trách trấn giữ mặt biển, ngăn chặn thủy quân giặc. Nay Khánh Dư thua trận mất mát nhiều quân sĩ, để cho giặc rộng đường tiến vào nội địa. Thượng hoàng Trần Thánh Tông giận lắm, sai trung sứ đi xiềng Nhân Huệ vương Trần Khánh Dư giải về đại doanh trị tội.“Lấy quân pháp mà xử, tôi cam chịu tội. Nhưng xin khất hai ba ngày, để mưu lập công rồi về chịu tội búa rìu cũng chưa muộn”.(theo Đại Việt Sử Ký Toàn Thư)
Trung sứ nghe lời tâu xin của Trần Khánh Dư hợp lý, chấp nhận cho Khánh Dư cơ hội lập công chuộc tội. Bấy giờ thủy quân ta dưới trướng Trần Khánh Dư tuy gặp tổn thất nặng nhưng vẫn còn khá đáng kể. Quân ta chỉ bị đánh lui, vỡ trận chứ không bị tiêu diệt. Không chỉ mỗi Nhân Huệ vương Trần Khánh Dư, quân sĩ dưới trướng ông cũng mong muốn cùng chủ tướng lập công chuộc tội. Quân ta ráo riết xốc lại lực lượng, bố trí mai phục chờ đoàn thuyền lương của giặc mà Nhân Huệ vương đoán rằng sẽ đến trong nay mai.
(còn tiếp)