Vua Trần giết Ô Mã Nhi là để trả mối hận cho muôn dân và cũng là trả hận cho chính hoàng tộc Trần vì Ô Mã Nhi đã tàn phá lăng tẩm nhà Trần. Vua Trần chấp nhận thất tín với người Nguyên, nhưng bù lại giữ được uy tín với các quý tộc và quân dân vì đã trừng trị được kẻ thủ ác.
Yêu sách của Nguyên Mông khiến vua Trần khó xử. Đành rằng việc vua Trần từ chối không sang chầu nước Nguyên là lẽ tất nhiên của một nước tự chủ như Đại Việt. Ngay cả việc trao trả tù binh theo ý muốn của Nguyên triều cũng khó thực hiện được bởi thực tế Phàn Tiếp đã bị quân ta xử tử, còn Ô Mã Nhi gây quá nhiều nợ máu. Nếu thả Ô Mã Nhi, tên tướng đã tàn hại sinh linh Đại Việt vô số về nước thì khó yên lòng quân dân đã đồng cam cộng khổ với triều đình, còn nếu không thả hắn thì có thể khiến bùng nổ chiến tranh thêm lần nữa.
Cuối cùng vua Trần đã làm theo kế mà Hưng Đạo vương hiến: Một mặt triều đình công khai lệnh cho Nội tư gia Hoàng Tá Thốn đưa Ô Mã Nhi cùng đồng bọn về nước theo đường biển. Mặt khác ngầm sai người bơi lặn giỏi làm phu chèo thuyền. Khi thuyền ra chỗ nước sâu, phu thuyền nhân lúc đêm đến lặn xuống nước đục thuyền cho chìm. Ô Mã Nhi chết đuối. Triều đình nhà Trần khéo léo dàn dựng cái chết của Ô Mã Nhi như một tai nạn. Bấy giờ sứ bộ nước Nguyên vẫn đang ở Đại Việt. Triều đình Đại Việt đã cho sứ giả Lương Đình Trực tận mắt chứng kiến việc làm ma chay cho Ô Mã Nhi. Thực ra điều này chỉ cốt làm cho đủ lễ để người Nguyên khó bắt bẻ chứ vua Trần cũng thừa biết khó mà khiến cho họ không nghi ngờ.
Khi tiễn sứ bộ nước Nguyên về, Hưng Đạo vương đã nhỏ nhẹ biện bạch về cái chết của Ô Mã Nhi và lấy cớ rằng vua Trần “tuổi già không đi xa được”. Vua Trần lại sai đại phu Đàm Minh cùng Chu Anh Chủng theo sứ đoàn nước Nguyên sang gặp Hốt Tất Liệt, gửi biểu biện bạch của vua Trần:
“… Vi thần ở nơi góc biển hẻo lánh, ốm đau lâu ngày đường sá xa xôi, thủy thổ gian nan, tuy số mệnh do trời định nhưng cái chết vẫn là điều sợ nhất đối với con người… Năm ngoái, nhân dân tiểu quốc đưa đến những quan quân còn sót lại, vi thần tự xét hỏi, chỉ được ba người là đại vương Tích Lệ Cơ, tham chính Ô Mã Nhi và Phàn tham chính. Trăm họ đều căm giận vì vợ con bị giết chóc, nhà cửa bị đốt phá, nhiều người muôn làm điều trái nghĩa, nhưng vi thần hết lòng che chở, cấp dưỡng rất hậu, thê thiếp họ đều được ăn mặc đầy đủ. Trước khi về đã sắm đủ hành lý, đặc sai sứ thần là tông nghĩa lang Nguyễn Thịnh đi theo đại vương Tích Lệ Cơ cùng Đường Ngột Đãi vào cửa khuyết. Trong khi đó, hai quan tham chính còn chậm lại sau vì đại quân vừa lui, ý sợ tham chính chưa nguôi lòng giận ắt sinh ra tai vạ nên để chậm lại rồi mới sai đưa ra bến thuyền để lên đường. Ngờ đâu kẻ vi thần vô phúc, việc xảy ra trái với ý muốn, Phàn tham chính bỗng phát cơn sốt, vi thần đã dốc hết thuốc thang, thuê bộ hạ tìm thầy chạy chữa, nhưng cũng không khỏi, đến phải bỏ mạng. Vi thần đã hỏa táng, làm ma chay, rồi cấp ngựa cho thê thiếp ông ta để chờ xương cốt, các thiên hộ Mai Thế Anh, Tiết Văn Chính đi hộ tống, cùng trở về nhà. Ngày Lưu thiên sứ đến nói họ đã qua Ung Châu rồi. Hàng ngày đối đãi kính trọng hay không, hỏi thê thiếp ông ta củng có thể biết được. Tham chính Ô Mã Nhi định ngày sẽ tiếp tục về sau. Vì đường ngang qua Vạn Kiếp nên ông ta xin tới gặp Hưng Đạo để sắm sửa hành lý. Dọc đường đang đêm thuyền bị vấp để nước dột vào, tham chính mình to vóc lớn khó bề cứu vớt thành ra bị chết đuối. Những người phu của tiểu quốc cũng đều chết hết. Thê thiếp tiểu đồng của ông ta cũng suýt nữa chết, nhờ người nhỏ nhẹ mà cứu thoát được. Vi thần đã chôn cất ma chay ở bờ biển, thiên sứ lang trung đã thấy tận mắt. Nếu có sự gì bất kính thì thê thiếp ở đó khó mà che giấu được. Vỉ thần đã sắm đủ lễ vật để đưa thê thiếp cùng với xá nhân, lang trung tiếp tục về nước. Số quân nhân ở chỗ vi thần cộng lại hơn tám nghìn người, trong đó hoặc có kẻ là đầu mục cũng không được biết. Nay nhờ chiếu dụ, vi thần lại tìm kiếm, nếu thêm được bao nhiêu đầu mục, bao nhiêu quân nhân, đều cho theo thiên sứ về nước. Sau đây nếu còn sót lại chưa về được hết thì vi thần sẽ cho về không dám lưu lại một người nào” (Thiên Nam Hành Ký, dẫn theo Hà Văn Tấn).
Như vậy là về mặt lễ, triều đình Đại Việt vẫn trước sau nhún nhường hết mực. Tuy nhiên thực chất thì nước ta chẳng làm theo yêu sách nào của nước Nguyên: tướng giặc bị giết và vua nước ta vẫn không sang chầu. Cái bất biến trong chính sách của nhà Trần là chủ quyền quốc gia vẫn được kiên trì giữ vững.
Sử gia phong kiến thường chỉ trích việc làm của vua Trần là thất tín và đem so sánh với việc Lê Thái Tổ Lê Lợi tha cho quân Minh về nước sau này. Sách Việt Sử Tiêu Án của Ngô Thì Sĩ bình rằng: “Chữ tín là quí báu nhất của nước. Đã bảo cho về, lại còn dùng kế giết đi, quỉ quyệt như thế, thủ tín với lân bang sao được. Đến sau này vua Lê Thái Tổ cũng trả người Minh về nước, có người nói đến sự đục thuyền cho đắm. Vua không dùng, người Minh cũng không nghi gì. Như thế mới thật là Vương giả có đại tín”. Đó là theo quan điểm của sử cũ. Tuy nhiên mỗi thời hoàn cảnh mỗi khác. Việc làm của vua Trần không phải là không có cái lý đúng của nó. Vua Trần giết Ô Mã Nhi là để trả mối hận cho muôn dân và cũng là trả hận cho chính hoàng tộc Trần vì Ô Mã Nhi đã tàn phá lăng tẩm nhà Trần. Vua Trần chấp nhận thất tín với người Nguyên, nhưng bù lại giữ được uy tín với các quý tộc và quân dân vì đã trừng trị được kẻ thủ ác.
Hốt Tất Liệt và quan lại Nguyên khi nghe lời biện bạch của sứ giả Đại Việt, đọc qua biểu trần tình của vua Trần ai nấy cũng nghi ngờ không phải sự thật nhưng không có lý lẽ gì để bắt bẻ. Nguyên chủ trong tạm thời biết chưa thể đủ điều kiện động binh với Đại Việt, đành xuống giọng làm hòa. Chinh Giao Chỉ hành tỉnh là cơ quan lập ra để điều hành việc xâm lược, nay nhận lệnh thu hồi lại phù ấn. Tuy vậy, Nguyên Mông vẫn thao luyện binh mã, đóng chiến thuyền mới, củng cố các vùng phía nam để làm tiền đề cho những mưu đồ nam tiến về sau.
Sau những thất bại, vua tôi nước Nguyên rút kinh nghiệm, bàn nhau mở một hướng tấn công trọng tâm khác vào Đại Việt. Ngày 10.3.1289, Quản quân vạn hộ Thành Đô là Lưu Đức Lộc tâu xin đem 5.000 quân đi chiêu dụ các bộ lạc vùng tây nam nước Nguyên để từ đó tiến đánh Đại Việt. Hốt Tất Liệt không chỉ chấp thuận, còn theo ý kiến của Khu mật viện thành lập Soái phủ, phong Lưu Đức Lộc làm Đô nguyên soái, cấp cho 1 vạn quân Tứ Xuyên. Nguyên triều toan tính rằng sẽ chuẩn bị mở một cuộc xâm lược với hướng tấn công chính đánh vào vùng tây bắc nước Đại Việt. Chúng hy vọng rằng tấn công từ hướng này sẽ phát huy hết thế mạnh về kỵ bộ, tránh được sức mạnh thủy quân Đại Việt. Tuy nhiên, kế hoạch xâm lược mới chỉ trong giai đoạn phôi thai và sớm gặp trở ngại.
Trong những năm từ 1288 trở đi, tình hình nội bộ nước Nguyên bất ổn. Nguyên triều nuôi tham vọng bành trướng không giới hạn, thường xuyên áp bức, bóc lột nhân dân để phục vụ cho mưu đồ bá chủ. Nhất là các vùng phía nam, Nguyên Mông đã huy động rất nhiều sức người sức của đổ vào chiến tranh với Đại Việt, Chiêm Thành, Java… Dân chúng chịu quá nhiều khổ sở, rủ nhau nổi dậy chống lại ở nhiều nơi. Phúc Kiến có quân Hoàng Hoa; Quảng Đông có quân của Đổng Hiền Cử; Chiết Giang có Dương Trấn Đông, Liễu Thế Anh; Tuần Châu có Chung Minh Lượng cầm đến hàng vạn quân trong tay. Cả vùng phía nam nước Nguyên loạn lạc. Án sát sứ Phúc Kiến là Vương Tồn đã tâu lên với Hốt Tất Liệt: “Phúc Kiến quận huyện hơn 50 chỗ, liền núi tiếp biển, thực là khu trọng yếu ở biên cương. Từ khi bình Tống đến nay, quan lại tàn bạo, cho nên dân ngu thường tụ nhau nổi dậy, triều đình đem quân đi đánh lại giày xéo tan nát… Huống dân quy phụ ở Phúc Kiến đến mấy trăm vạn hộ, trong vụ biến Hoàng Hoa đi theo đến 4-5 phần mười, nay thanh thế của Minh Lượng lại rầm rộ hơn Hoa, sao có thể coi là bọn giặc cỏ tầm thường. Nên tuyển tinh binh, nghiêm hiệu lệnh, dùng kế mà đánh, nếu không thì không dứt được mối hoạ”
Nguyên triều điều động hàng vạn quân chính quy đi đánh dẹp nhưng không xuể. Hễ đánh chỗ này, chỗ khác lại nổi lên. Trong suốt năm 1289, khắp vùng phía nam nước Nguyên vô cùng bất ổn. Tình hình thể hiện qua lời tâu của Ngự sử đại phu nước Nguyên là Oa Lúc lên Hốt Tất Liệt: “Giặc cướp nổi lên ở Giang Nam hơn 400 chỗ, nên chọn tướng để đi đánh”. Hốt Tất Liệt phải hạ lệnh cho Đường Ngột Đải, bấy giờ là Tả thừa hành tỉnh Kinh HồChiêm Thành đều thêm quân đàn áp. Dân chúng vùng Giang Nam bị cấm không được dùng vũ khí, cung tên. Cuộc chiến đấu của nhân dân vùng Giang Nam vẫn diễn ra mạnh mẽ bất chấp sự đàn áp của Nguyên triều đã góp phần làm phá sản kế hoạch xâm lược Đại Việt. Nhưng lòng hận thù của Hốt Tất Liệt với nước ta vẫn còn đó và luôn chờ đợi thời cơ mới…
(còn tiếp)